(1) Unbeschadet des § 4 Absatz 2 und 3 leitet die Generalzolldirektion bundesweit die Durchführung der Aufgaben der Zollverwaltung. Sie übt die Dienst- und Fachaufsicht über die Hauptzollämter und Zollfahndungsämter aus. Außerdem nimmt die Generalzolldirektion die ihr sonst übertragenen Aufgaben wahr.

(2) Die Generalzolldirektion gliedert sich in Direktionen. Es wird eine für den Zollfahndungsdienst zuständige Direktion (Zollkriminalamt) eingerichtet. Innerhalb des Zollkriminalamtes wird die Zentralstelle für Finanztransaktionsuntersuchungen errichtet. Andere Organisationseinheiten können eingerichtet werden.

(3) Die Zuständigkeiten und Aufgaben der Direktionen und der anderen Organisationseinheiten bestimmt das Bundesministerium der Finanzen. Aufgaben des Zollfahndungsdienstes werden durch das Zollkriminalamt wahrgenommen; ausgenommen hiervon ist die Zentralstelle für Finanztransaktionsuntersuchungen, die ausschließlich Aufgaben nach dem Gesetz über das Aufspüren von Gewinnen aus schweren Straftaten (Geldwäschegesetz) wahrnimmt.

(4) Die bei der Generalzolldirektion errichteten Bundeskassen unterstehen unmittelbar der Leitung einer Direktion der Generalzolldirektion. Das Bundesministerium der Finanzen bestimmt die zuständige Direktion.